Terapia w komorze hiperbarycznej ma znaczący wpływ na organizm. W związku z czym istnieją schorzenia i przesłanki, które w sposób bezwzględny wykluczają możliwość korzystania z komory hiperbarycznej. Do bezwzględnych przeciwwskazań w zastosowaniu HBOT należy:
- odma płucna
- wrodzona sferocytoza;
- padaczka (epilepsja);
- wszelkie zabiegi chirurgiczne – jeśli zostały wykonane w okresie krótszym niż 3 miesiące od dnia wizyty w okolicy klatki piersiowej;
- gorączka powyżej 38 stopni w dniu wizyty;
- wszczepiony aparat słuchowy;
- rozrusznik serca;
- ostre stany zapalne uszu (w dniu wizyty);
- zapalenie nerwu wzrokowego (w dniu wizyty);
- zaćma (w dniu wizyty);
- stan wskazujący na spożycie alkoholu lub środków odurzających.
- ciąża (niezależnie od stadium).
- Aktualnie przyjmowanie leków: (Bleomycyny, Cisplatyny, Doksorubicyny, Sulfamylonu, Disulfiramu, Mafenide Acetale).

Czynniki względne jakie pacjent powinien skonsultować ze swoim lekarzem prowadzącym.
- klaustrofobia;
- przewlekła obturacyjna choroba płuc (POChP);
- astma;
- rozedma płuc;
- dysfunkcja trąbki Eustachiusza;
- aparat słuchowy z możliwością ściągnięcia (aparat należy bezwzględnie zdjąć przed rozpoczęciem seansu).

Tlenoterapia hiperbaryczna może być stosowana przez wszystkich: zaczynając od małych dzieci a na osobach starszych kończąc ponieważ w wyniku jej stosowania  następuje  poprawa zdrowia, utrzymanie kondycji i zahamowanie procesów starzenia.

Dotyczy to również ludzi zdrowych, ale zabieganych i często przepracowanych.

"Aktywni ludzie potrzebują tlenu więcej, niż może im dostarczyć oddech."
Dr Klaus Jung, Uniwersytet w Mainz

Dlatego mogą ją stosować:
- dzieci i młodzież dla uspokojenia centralnego układu nerwowego, usprawnienia pracy mózgu, w tym zapamiętywania 
- osoby dorosłe w celu odtrucia organizmu, zwiększenia sił witalnych, redukcji poziomu stresu
- sportowcy dla regeneracji organizmu po wysiłku oraz wzrostu sprawności organizmu
- osoby dbające o urodę, po zabiegach medycyny estetycznej i dla opóźnienia procesów starzenia się

Terapia w komorze hiperbarycznej odbywa się po wywiadzie zdrowotnym, celem którego jest sprawdzenie czy istnieją przeciwwskazania do tlenoterapii.

Ze względu na bezpieczeństwo i komfort pacjenta do komory hiperbarycznej nie wolno wnosić:
- zapalniczek
- zapałek
- ostrych przedmiotów

Nie zaleca się:
- telefonów komórkowych, tabletów itp.
- urządzeń elektrycznych (radioodbiorniki, odtwarzacze mp3)
- syntetycznych ubrań
- materiałów metalowych, srebra i złota                                                                                                     
                           
Podczas zabiegu są Państwo pod opieką osoby przeszkolonej z obsługi komory hiperbarycznej.

Zabieg przebiega wg następującego schematu:
Osoba wchodzi do komory hiperbarycznej, zakłada maskę tlenową. Po zamknięciu komory następuje uruchomienie procesu podawania tlenu oraz powolne sprężenie powietrza, aż do osiągnięcia ciśnienia docelowego. W tym czasie można odczuwać lekki dyskomfort odczuwalny w uszach – podobny do tego jaki odczuwamy w czasie startu i lądowania samolotu. Po osiągnięciu docelowego ciśnienia odczucia te mijają, można w pełni zrelaksować się i korzystać z leczniczej dawki tlenu. Na zakończenie zabiegu dochodzi o rozprężenia ciśnienia w komorze hiperbarycznej, któremu mogą towarzyszyć podobne doznania ja w trakcie sprzężenia. Cały zabieg trwa ok.75 min. w zależności od indywidualnych odczuć w pierwszej i trzeciej fazie zabiegu.

Przez cały czas w gabinecie znajduje się osoba nadzorująca pracę komory i stan pacjenta.

W celach profilaktycznych i przewlekłych schorzeniach tlenoterapię hiperbaryczną należy stosować systematycznie i jak najczęściej choć nie należy przekraczać zalecanych dawek. Tlen w zbyt dużych stężeniach działa bowiem toksycznie. Zabiegi realizowane są w seriach od 5 do 60 zabiegów godzinnych. Ilość zabiegów w jednej serii określa jednostka chorobowa. W zastosowaniach profilaktycznych i odmładzających zaleca się serie 10 zabiegów. W leczeniu ostrych stanów chorobowych terapię przeprowadza się zazwyczaj w kilkutygodniowych cyklach.